Las comisiones serán constituidas para conseguir el estudio previo de las materias que son de su competencia, las cuales tendrán el carácter de permanentes, especiales o mixtas. Las comisiones permanentes se constituirán por todo el periodo que se eligen los Consejeros Regionales y las especiales o mixtas por el tiempo que sea necesario para evaluar el trabajo que se le solicite.

Toda comisión contará con un presidente, vicepresidente y un secretario técnico que será un funcionario destinado por el secretario ejecutivo para asesorar permanentemente a la comisión en todos los temas de su competencia.

Por disposición del Reglamento de Funcionamiento Interno de este Consejo Regional, habrá cinco comisiones permanentes: 

1. Comisión de Gobierno y Relaciones - Presidente: Sr. Javier Ávila Parada.

2. Comisión de Fiscalización - Presidente: Sr. Rodrigo Dinamarca Muñoz.

3. Comisión de Presupuesto y Proyectos de inversión - Presidente: Sr. Javier Ávila Parada.

4. Comisión de Planificación y Desarrollo territorial - Presidente: Sr. Rodrigo Dinamarca Muñoz.

5. Comisión de Salud, Medio ambiente y Seguridad - Presidente: Sr. Hernán Álvarez Román

6. Comisión de Desarrollo Social, Comunitario y Deportes - Presidente: Sr. Hernán Álvarez Román

7. Comisión de Educación, Cultura, Ciencia y Tecnología - Presidente Sr. Jezer Sepúlveda Domínguez.

8. Comisión de Vialidad Transporte y Telecomunicaciones - Presidente: Sr. Jezer Sepúlveda Domínguez.

9. Comisión de Fomento productivo, Agricultura, Turismo e Industria - Presidente: Sr. Hernán Álvarez Román

10. Comisión de Energía y Recursos Hídricos - Presidente: Sr. Hernán Álvarez Román