Las comisiones serán constituidas para conseguir el estudio previo de las materias que son de su competencia, las cuales tendrán el carácter de permanentes, especiales o mixtas. Las comisiones permanentes se constituirán por todo el periodo que se eligen los Consejeros Regionales y las especiales o mixtas por el tiempo que sea necesario para evaluar el trabajo que se le solicite.

Toda comisión contará con un presidente, vicepresidente y un secretario técnico que será un funcionario destinado por el secretario ejecutivo para asesorar permanentemente a la comisión en todos los temas de su competencia.

Por disposición del Reglamento de Funcionamiento Interno de este Consejo Regional, habrá cinco comisiones permanentes: 

1. Comisión de Gobierno, Relaciones internacionales y Fiscalización. Presidente: Sr. Javier Ávila Parada.
 

2. Comisión de Presupuesto, Proyectos de inversión, Planificación, Desarrollo territorial y Transporte. Presidente: Sr. Rodrigo Dinamarca Muñoz.

3. Comisión de Desarrollo social, Turismo, Salud y Medio ambiente. Presidente: Sr. John Andrades Andrades.

4. Comisión de Educación, Ciencia, Tecnología e Infraestructura. Presidente: Sr. Jezer Sepúlveda Domínguez.

5. Comisión de Agricultura, Fomento productivo y Energía. Presidente: Sr. Arnoldo Jiménez Venegas.